Я тут новичок, как что прошу сильно тапками не забрасывать ...
Вообще-то, вата в колонках используется не для уменьшения вибраций (их корпусу в большей мере передает шасси динамиков), а для "увеличения" объема воздуха внутри корпуса, вследствие чего уменьшается резонансная частота корпуса.
Я уже переделывал корпуса с подобной системой распределения воздуха. Использовались они в клубе, где внешне видно было только переднюю часть корпуса, блоки питания были выведены за корпус. Поролоном корпуса я не обшивал, процессорные кулера не менял, но схема хорошая и температуру удалось снизить существенно. Поэтому могу предложить пару своих наблюдений.
1. Дивидюк не так сильно греется (и даже если вы его используете очень-очень часто), лучше переместить на нижнее место в лотке. Тем самым вы добьетесь большей отдачи тепла с него (которое в большей мере нагревает верхнюю крышку корпуса), а установка вентилятора ближе к верхней крышке корпуса уменьшит паразитные завихрения в верхней части корпуса, как следствие - более "гладкое" выведение горячего воздуха.
2. Жесткие также диски большую часть тепла отводят через верхнюю крышку, то есть (если есть возможность) лучше верхний диск перевернуть "вверх ногами" так, чтобы внутрь "нижней трубы" смотрели только крышки. Это также уменьшит запыленность электрики дисков.
3. Обратите внимание на реализацию охлаждения в системниках Apple - там корпус разделен на 2 зоны и воздух от видеокарт и жестких дисков выводится отдельно от процессоров. Поскольку у вас подсос воздуха идет и снизу и сверху - сообразите перегородку и вывод воздуха внизу задней части корпуса. Это не даст возможности уже нагретому воздуху от винтов и видюхи дополнительно нагревать процессор. Также это позволит в какой-то мере избавиться от паразитных завихрений, возникающих при прохождении воздуха сквозь элементы материнской платы, и способствует более ровному прохождению воздуха. Мне хватило куска ДВП с прикрепленной пластиной из жести, которая в свою очередь крепится к корпусу для дополнительного охлаждения воздуха, проходящего через "нижний отсек".
Удачи в корпусостроении!